El Departament de Medicina i Cirurgia està estructurat en 14 unitats funcionals, que corresponen a diferents àrees de coneixement:
Unitat de Cirurgia Hospital Joan XXIII
Unitat de Cirurgia Hospital Sant Joan
Unitat de Cirurgia Ortopèdica i Biomecànica
Unitat de Dermatologia
Unitat de Fisioteràpia
Unitat de Medicina Hospital Joan XXIII
Unitat de Medicina Hospital Sant Joan
Unitat d'Obstetrícia i Ginecologia
Unitat d'Oftalmologia
Unitat d'Otorrinolaringologia
Unitat de Patologia General
Unitat de Pediatria
Unitat de Psiquiatria
Unitat de les Terres de l'Ebre